Возможно Скайнет будущего знал, что Маркус первым делом попав в его обитель сразу подключиться к системе и предусмотрел у него какой-то специяльный скрипт, который обогатил Скайнет ещё большими знаниями, уже из будущего (т.е. Маркус был что-то вроде мега-умного путешествующего во времени харда с мега-инфой и функцией доставки в любую точку мира), возможно это и была именно главная цель, которая должна была помочь Скайнету достичь невероятного уровня информационной составляющей. А сразу после мега-апдейта его и починили

Т.е. по-факту - он нужен был для мега-апгрейда Скайнета из прошлого

А историю про Коннора и Риза Скайнет специально придумал, чтобы притупить их внимание, после якобы успешной осады в конце фильма